Una vez realizada la conexión Filezilla muestra dos áreas con ficheros, la que contiene los ficheros locales y la que contiene los ficheros del servidor, es decir los remotos.

Si se quiere descargar un fichero desde el servidor, primero hay que situarse en la carpeta local donde se quiere guardar el fichero. En el ejemplo de la figura, el directorio seleccionado es el directorio raíz "/".

Ya situados en la carpeta local donde se guardará la descarga, solo falta navegar por el árbol de directorios del servidor para seleccionar el archivo o archivos a descargar y con el botón derecho del ratón indicar si de desea descargar o añadir a la cola de descargas.

Para subir el o los archivos seleccionados al servidor se realizan los mismos pasos anteriores. Primero localizar la carpeta del servidor donde se va a guardar el archivo y luego buscar el archivo o archivos a subir al servidor. Por último, con el botón derecho del ratón seleccionar subir o añadir a la cola.

Las dos operaciones anteriores también se pueden realizar arrastrando con el ratón desde la zona local a la remota y viceversa.

Filezilla permite mantener conexiones a varios servidores en diferentes pestañas. Para crear una nueva pestaña de conexión a un nuevo servidor, seguir los pasos anteriores. Cuando pregunte si se quiere cerrar la conexión actual o abrir la nueva en otra pestaña, elegir la opción Pestaña nueva.

Cuando se quiera desconectar de un servidor, basta con seguir una de estas opciones: cerrar la pestaña del servidor correspondiente, ir al menú Servidor -> Desconectar o hacer clic sobre el botón .