Dia permite guardar los diagramas como cualquier aplicación. Para guardar un archivo, elegir en el menú principal Archivo -> Guardar. Aparece un cuadro de dialogo estándar para guardar. El área de trabajo es guardada en formato dia XML. La extensión del archivo tiene extensión .dia (archivo.dia).

Para cargar un archivo que ha sido guardado por dia o alguna otra aplicación, seleccionar en el menú principal Archivo -> Abrir, aparece un cuadro de diálogo para seleccionar el archivo. El cuadro de diálogo es estándar, pero además tiene un menú Determinar tipo de archivo donde elegir el tipo de formato del archivo que se va a abrir.

Desde una terminal, en la linea de orden y estando en el directorio que contiene el archivo, se puede escribir: dia archivo.dia.

Al guardar, Dia genera un archivo dia XML, que es comprimido automáticamente con gzip para ahorrar espacio en disco, ya que un diagrama simple es muy grande porque guarda mucha información redundante.

Como ya se ha dicho en el punto anterior, Dia permite exportar archivos a otro tipo de formatos, como: CGM, HPGL, EPS, PNG, SVG, TeX, WPG...